全体的なシステム

名声

　敵を倒すごとに１上がり、逃げると下がる。
　また、パーティの誰かが死亡したり、全滅した場合も下がる。
　敵から逃げても下がる。
　イベントで上がることもある。
　しかしこの数値が影響する場面はマーク２を仲間にするイベント以外は心当たりが無い。
　エンディングのクラスにも影響するか？

クラス

　エンディングではクリアにかかった年月などに応じて、プレイヤーがランク付けされる。
　多くのプレイヤーは『ナイト』クラスになる。その一つ上が『キング』
　『ゴッド』クラスが最上位だが、とるのはなかなか難しい

武器／防具レベル

　このゲームでは武器を買い換えることは出来ない。
　そのかわり、最初から持っている武器を鍛冶屋で鍛えてレベルアップさせていくことになる。
　鍛えるためには金のほかにガンダリウム合金もとい鉱石が必要であり
　ガンダリウムは宝箱からしか手に入らないため、
　誰の武器レベルをあげるか、という判断が重要になる。
　一応、平均的に上げていけば無難ではある。
　なお、街ごとに鍛えられる限界レベルが存在するため、序盤で一気に最強まで鍛えることは不可能。
　ちなみに鍛えることでアップする能力はキャラごとにまちまち。
　本人のレベルアップで上がる攻撃力はせいぜい１レベルで２〜３程度だが
　武器を鍛えると一気に２０ぐらいアップするため、非常に重要な要素である。
　なお、後半は無限にガンダリウムを手に入れられるイベントがある。
　レベルは＋９が最高。

保険

　ナイトガンダム名物、保険システム。
　今回は先に金を払っておくことによって
　全滅しても名声が下がらないというものになった。
　どういう理屈で名声ダウンを防ぐのか分からないが。
　期間はお試し（１日、）１週間、１ヶ月、１年とあり
　１年で金貨３０００枚となる。
　金に余裕があれば加入しても良いが、無くても別に気にならない。

パーティ分割

　ストーリーが進むとメンバーが７人を超え、パーティを二つに分けることになる
　Aチームはクラウンナイト、Bチームはフォーミュラが率いる｡
　チームを分割した直後に自動的にセーブされるので、慎重に分割しなければならない。

戦闘システム

リーダーコマンド

　　リーダーであるクラウンナイトとフォーミュラだけが使うことのできるコマンドで、
　　パーティ全体に関するものである。

　　退却……逃げ出す。名声は下がる。
　　　　　　　　このゲームはエンカウントが多いため、多用したいところなのだが
　　　　　　　　逃げ出せる確率はあまり高くなく、リスクも大きいため、あまり使うことが無い。

　　命令……自分以外のキャラのコマンド入力をマニュアル（ご命令を）かオート（お任せ）に選択。
　　　　　　　　オートの場合、『気合』を使うことは無いが、各種アイテムは使用してくれる。
　　　　　　　　行動の判断をリアルタイムで行うため、
　　　　　　　　そのターンに受けた傷をそのターンのうちに回復、という
　　　　　　　　マニュアルでは不可能な芸当も見せてくれる。　
　　　　　　　　なお、リーダーが死亡すると全員がオートバトル状態になる。

　　一斉……ナイトガンダム名物、一斉攻撃。
　　　　　　　　全員で一人を攻撃するが、『気合』が存在するため、あまり使う機会は無い。

通常コマンド

　　攻撃……通常攻撃を仕掛ける。

　　気合……必殺攻撃を仕掛ける。ボス戦の主力。
　　　　　　　　会心の一撃を任意に繰り出せるものと考えればよい。
　　　　　　　　レベルの二分の一（端数切り上げ）のMPを消費する。

　　魔法……僧侶F９０JrとガンタンクR専用。
　　　　　　　　魔法を使う。
　　　　　　　　なお、魔法は町で購入する。

　　名乗る…名乗りをあげ、敵の注意をひきつける。
　　　　　　　　全ての敵の攻撃がそのキャラに集中する。
　　　　　　　　パーティの誰かを守りたい時に使うとよい。

　　守る……パーティリーダーをかばう。
　　　　　　　　リーダーへの攻撃をかわりに喰らうことになる。
　　　　　　　　リーダーを守りたい時に。

　　構える…防御コマンド。しかしあまり防御力が上がったようには思えない。気休め程度に。

　　道具……道具を使う。

連続攻撃とスピード

　　このゲームでは相手と自分にスピードの差があると、連続攻撃が可能になる。
　　これは通常攻撃が３連発になるものである。
　　逆に、相手から連続攻撃を喰らうこともある。

　　スピードの値はキャラによって固定で、レベルによって変動することが無い。
　　つまりキャラによって、どの敵に連続攻撃が可能か、どの敵から連続攻撃を喰らうかは決まっており、　　しかも後半はほとんどこちらから連続攻撃を仕掛けることは不可能であるため
　　スピードの値は実際には相手から連続攻撃を喰らわないための防御的な数値ということになる。
　　そして、極端に低くない限り普通の敵からは連続攻撃を喰らわないので
　　あまり高くても意味がない数値である。
　　プラスや剣士F９０Jrなどはこの所為で使いづらいキャラとなっている。

　　レベルによって変動しないのは、ゲームバランスをとるためであろう。

　　なお、これとは別に、レッドウォーリアは二刀流によって常に２回攻撃が可能である。
　　同じくリゲルグなどの敵は２回攻撃を仕掛けてくる。
　　二刀流で、勝つ連続が発動した場合には４回攻撃となる。

　　なお、スピードは行動順序には（ほとんど）影響しない模様。